Заседание экспертной рабочей группы государств-членов ШОС по сотрудничеству в области образования состоялось в Пекине (КНР) 10 марта 2010 года. По словам замдиректора департамента международного сотрудничества Минобрнауки РФ Ларисы Ефремовой, в 2010-2012 годах будет осуществляться первый набор и подготовка студентов на пять направлений магистратуры: экология, энергетика, нанотехнологии, регионоведение и IT-технологии. Вся нормативная база, в частности, методика согласования магистерских программ, подготовлена.
Студенты будут учиться в вузах своей страны, выбранных базовыми для УШОС. В странах-участницах проекта их всего 51. Среди них – Таджикский госуниверситет права, бизнеса и политики, Московский государственный институт международных отношений МИД РФ, Пекинский университет иностранных языков, Ошский технологический университет имени Адышева, Казахский национальный технический университет имени Сатпаева.
По окончании выпускники получат два документа об образовании: диплом вуза, на базе которого проходило обучение, и диплом-сертификат Университета ШОС.
Идея создания Университета ШОС была выдвинута президентом РФ в 2007 году. Речь шла об объединении потенциалов ведущих университетов стран-участниц ШОС с целью подготовки высококвалифицированных специалистов для реализации конкретных интеграционных проектов организации.