Исследователи из университета Калифорнии в Сан-Диего (University of California, San Diego) впервые построили полную компьютерную модель обмена веществ человека. И эта модель теперь доступна всем желающим.
Модель создана исследовательской группой биологов (Systems Biology Research Group), которой руководит профессор Бернхард Полссон (Bernhard Palsson).
Новая модель включает все известные гены и метаболические реакции, описанные в научной литературе. Каждый ген в базе данных связан с его продуктом — белком, который связан со множеством метаболических реакций. Они, в свою очередь, связаны с другими реакциями, которые связаны с веществами на входе (такими, как глюкоза) и выработкой энергии или продуктов. Полссон называет эту модель “математическим представлением всех этих данных”.
Заметим, что сведение вместе и взаимная увязка всех реакций фактически являются не просто справочником, а системой, способной рождать новое знание. Подсказывать незамеченные ранее связи и закономерности. В этом плане проект группы Полссона очень напоминает интеллектуальную программу GenoPharm, увязывающую тысячи генов с известными болезнями.
На ресурсе BiGG Database любой специалист или просто любопытствующий может отметить флажком, что интересуется метаболизмом человека (в системе есть и метаболизм некоторых других существ), уточнить место реакций (например — в митохондриях) и интересующую часть обмена веществ (к примеру, метаболизм тирозина), отметить, что интересуется связанными с данной цепочкой генами, нажать “найти реакции” и оп! — получить подробные объяснения.
Авторы проекта рассчитывают, что он поможет исследователям раскрыть новые цепочки, в которые вовлекаются вещества из лекарственных препаратов и, возможно, понять молекулярную подоплёку рака и других болезней. Так, пользователи данной системы могут отметить, какие гены выражены в повреждённой ткани, и выяснить, в какие метаболические цепочки вовлечены эти гены. Тогда исследователи могли бы целенаправленно искать препараты, влияющие на эти реакции.
