Соглашение с Абхазией разработано в целях реализации Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи от 17 сентября 2008 года. Оно направлено на укрепление сотрудничества в области таможенного дела и борьбы с таможенными правонарушениями, облегчение пассажирского и грузового сообщения между Российской Федерацией и Республикой Абхазия, обеспечение правильного взимания таможенных платежей и соблюдение установленных в соответствии с законодательством Сторон запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу обоих государств. Для выполнения функций, возложенных на таможенные службы обоих государств, а также для совершения таможенных операций в отношении определенных видов товаров статьей 5 Соглашения предусмотрено создание по взаимной договоренности сторон на территориях государств специализированных таможенных органов: российского — на территории Республики Абхазия, абхазского — на территории РФ.
Соглашением с Южной Осетией также предусматривается возможность создания по взаимной договоренности на территориях сторон специализированных таможенных органов в целях увеличения товарооборота путем снижения финансовых и временных затрат при таможенном оформлении и таможенном контроле, оказания помощи в вопросах подготовки кадров для таможенных служб сторон, а также совместного осуществления правоохранительной деятельности. Соглашением регулируются вопросы взаимного признания сторонами документов и решений специализированных таможенных органов, наличия у них иммунитета и привилегий, освобождения их от пошлин и налогов в государстве пребывания.
